《重案六组3》讲述了警方在追捕一伙犯罪团伙时，发现他们竟然与一个国际恐怖组织有关联。为了阻止这个组织的恐怖行动，重案六组成员展开了一场紧张刺激的缉凶行动。在追踪过程中，队员们遭到了对手的反击和暗杀，但他们并没有放弃，并最终成功地将这个危害社会安全的犯罪集团彻底铲除。