主角天野遊戲和他的朋友田中海馬在决斗都市展开了一场神秘卡片的决斗，从而引发了新世界的诞生。在新世界里，天野遇到了名为阿斯特蕾娅和她的伙伴小鸟游六花，成为他们打倒“数字怪兽”的同伴。随着剧情推进，天野不仅要面对强大敌手、解开“数字之谜”，还要保护自己重要人物。最终，在与最终BOSS浮雕王子的决斗中，天野与阿斯特蕾娅共同将恶势力扫清，并完成了传说中超越时空存在者——神龙-数码化龙 的召唤。