《医妃难囚第二季》讲述了江苏人民医院的实习生林沫因意外穿越成为古代医女，被迫与帝王擦肩而过的故事。在第二季中，林沫继续为皇室疑难杂症解决问题，并逐渐获得皇上和百姓们的信任。与此同时，她也面临着来自权贵和敌对势力的威胁。在这个充满阴谋和危险的时代里，林沫能否保护自己并完成使命呢？