《夜袭妈妈3ds漫画网》讲述了一个普通高中生在偶然间发现自己的母亲是一名深夜出没的超级英雄后，开始与母亲共同打击犯罪。随着剧情的推进，主人公逐渐成长为一名优秀的战士，并与众多反派展开激烈对决。另外，主人公还在网络上创建了一个3DS漫画网站，在其中发布各种有关超级英雄和反派们的故事，引起了极大轰动。最终，在他和母亲联手之下，所有邪恶势力都被消灭，平安重归于好。