在《虚构推理》第二季中，主角牧瀬红莉绘和助手天海春香再次展开一系列神秘案件的调查。他们遇到了一个名叫“学姐”的女子，她似乎与许多案件有关联。同时，他们也发现了一个黑暗组织“傀儡师”正在策划着一场可怕的阴谋。随着剧情深入，红莉绘和天海春香逐渐揭开真相，并决定与“学姐”以及其他人合作解决这些问题。最后，在激烈的斗争中，“傀儡师”的真正身份被揭露出来，并且所有案件得到圆满解决。