故事发生在一个奇幻的天空岛上，喜羊羊和灰太狼因为一场风暴而被困此地。他们发现这个岛居住着各种神奇的生物，其中有一只受伤的神鹿需要他们帮助。为了救治神鹿，喜羊羊和灰太狼勇闯险境，寻找草药。途中他们遭遇六怪（水、火、土、雷、云和气）阻挠，但凭借智慧与勇气，最终战胜了它们。成功治愈神鹿后，岛上的生物感激不已，并帮助喜羊羊和灰太狼修复飞行器返回家园。同时，在这个冒险过程中大家也得到了友谊与成长的体验。