在2035年，人类社会已经被第二次冲击波摧毁。新的NEO-Tokyo城市建立后，14岁的少年碇真嗣与父亲一起生活。然而，他却被迫参加EVA计划并驾驶巨型机器人抵御天使入侵。在战斗中他结识了三个女孩：渚薰、惠介和明日香，并且揭开了一个黑暗的阴谋——NERV组织不仅要对付天使，还要面对来自内部和外部的威胁。这场关乎整个人类命运的战争将如何收场？