第二季中，下层舰员们继续在星际迷航的宇宙中展开新的冒险。他们遇到了一艘神秘失踪已久的太空船，并发现了一个不可思议的时空门。为了解开谜团，他们穿越时空门来到未知的星球上，开始寻找遗失已久的古老文明和宝藏。然而，在这个未知星球上，他们必须面对危险和敌人的挑战，并且发现宇宙间隐藏着更大的阴谋与危机。