在第二季中，新干线变形机器人面临更加强大的敌人和挑战。他们必须合作，利用自己的特殊能力来保护城市免受威胁，并解决神秘组织“黑暗势力”的阴谋。同时，主角们也会不断成长和发展，在冒险中学习团结、勇气与责任感。随着剧情推进，一些隐藏在背后的真相逐渐浮出水面，令观众惊喜连连。