《武装神姬》讲述了一群少年，拥有着能够操纵战斗机器人“神姬”的力量。他们被卷入一个名为“MMS（Multiple Mobile Suits）战争”的阴谋中，各方势力角逐着掌握最强大的神姬。主人公莱因哈特与他的伙伴们在不断成长和历练中，逐渐认识到自己内心深处真正想要保护的东西，并为之奋斗。同时也发现背后隐藏着更加黑暗的真相和敌对势力，在生死存亡之间挣扎求生。