《我的秘密室友》讲述了大学生小明与神秘的室友阿杰相处的故事。小明发现阿杰总是在晚上离开寝室，而且房间里还有一些奇怪的装备和工具。他开始怀疑阿杰是否是一个特种兵或者谍报人员，但后来发现原来他只是一个喜欢夜跑和DIY制作各种东西的爱好者。通过相互理解和信任，两个人成为了很好的朋友，并共同度过了大学时光。