《数码宝贝tri》故事发生在原剧情之后。大家长大了，《数码宝贝》突然复苏，新的威胁出现。主人公太一、泰克和其他朋友重新与他们的亚丁升华合作，这次他们要面对更强大的敌人。“最恶劣之环”感染数字化世界，使许多数码怪兽堕落为黑暗形态。他们与搭档伙伴摩诃迦罗特展开决战，以保护两个世界间的平衡，并帮助回归良好状态的数码怪兽完成进化。朋友们团结一心，共同战斗，在坎坷中收获成长与友谊。