《使徒行者2》讲述了香港警方特别任务连成员林正英（古天乐饰）和李文龙（张智霖饰）接手调查一宗神秘的爆炸案。在追踪过程中，两人发现自己被卷入了一个更大的阴谋之中。他们必须与前辈余则成（刘青云饰）、新加入的女队员何家颖（郑嘉颖饰）等人合作，揭开这个黑暗势力背后的真相，并保护香港不受恐怖分子侵袭。