在《史前巨鳄2》中，一支探险队深入丛林寻找失踪的同事。他们发现了一个神秘的湖泊，并被困在那里。但是，这个湖泊不仅有着美丽的风景和生态系统，还有着一只巨大而凶猛的恐龙——始祖鳄！探险队必须找到逃离此地并击败始祖鳄才能活下来。除此之外，在与恐龙激烈对抗的过程中，他们也会面临人性、自然环境和科技等方面带来的挑战。