《神马少女午夜理论》讲述了一群少年在午夜时分探寻超自然事件的故事。主角小芳与好友们发现，每到晚上十二点，她们便可以进入一个神秘的世界，并遇见各种鬼怪和灵异事件。为了弄清这一切背后的真相，她们开始进行调查和研究，并逐渐揭开了一个令人震惊的阴谋。同时，小芳也经历着成长和爱情的波折，在探险中不断成长并最终解决所有难题。