《上帝在吗？我是玛格丽特》讲述了一个生活在现代都市的年轻女子玛格丽特，在遭受感情和事业重创后迷失自我的故事。她开始怀疑上帝的存在，并决定展开一段寻找信仰与真爱的旅程。在她流离失所的过程中，奇迹般地遇见了亦相信上帝却远离宗教习俗的青年约翰。两人逐渐建立起深厚的感情，共同探索着对于现实与灵性之间平衡的体悟。最终，在这段旅程中，他们不仅找到了对彼此无条件付出的勇气，也重新发现了属于自己内心深处那份真正属于他们和上帝之间自由而美好的联系。