《三坪房间的侵略者》讲述了一个名叫朝比奈惠子的年轻女孩，因为工作原因不得不搬到面积仅有三坪大小的公寓里居住。然而，她却发现自己并不是唯一的居住者——每天晚上都会出现神秘的“侵略者”在房间中出没。经过一番探究后，想要与这位“侵略者”和平共处的惠子开始了与之互动，并逐渐揭开了他身上隐藏着的故事。