《日本大学sgu9999》讲述了一群天才学生在参加TAG组织的特殊教育计划时，突然遭遇奇怪事件并陷入危机中。为了挑战问题并保护世界和平，他们要团结合作，利用自己的才能和智慧寻找答案，并迎接史上最大规模的实验考验。在这个充满挑战、惊喜与感动的旅程中，他们成长为更加勇敢、坚强、聪明又细腻的人。