《潜艇总动员5：时光宝盒》讲述了小潜和他的伙伴们在一次冒险中发现了神秘的时光宝盒，能够穿越时空。他们利用这个宝盒回到过去，帮助一个受欺凌的小鱼儿找回勇气，并解救被恶势力控制的海洋王国。同时，在未来世界，他们也遭遇到危机并与新朋友合作拯救世界。最终，小潜等人明白了“时间可以改变一切”的道理，并成长为更加坚强、勇敢、团结的队伍。