皮卡丘失忆，变得笨拙可笑。超梦被邪恶力量控制，要毁灭人类。阿什等人决定寻找解救方法。在旅途中他们遇到了许多有趣的情节和角色，帮助他们重拾记忆并打败超梦。最后发现原来是一位神秘少女用自己的能力控制了超梦，并把皮卡丘的记忆锁住以保护它不被追杀。大家围绕着这个少女展开了友谊之旅，重新建立起彼此间的信任与感情，在欢声笑语中度过美好时光。