《那年夏天的秘密》讲述了两个少女之间发生的故事。一个是内向腼腆的少女，另一个则是自信开朗却有着不为人知的烦恼。在一次偶然相遇后，她们成为了好朋友，并共同探索彼此内心深处所隐藏的秘密。但随着暑假即将结束，她们面临分别和离别，而这份情谊是否能继续呢？最终，在一场突如其来的意外中，两个少女真正地坦露出了自己内心最深处的秘密，并从中找到了解决问题并重新开始生活与学习的勇气和力量。