《魔法少女毁灭者》讲述了普通的高中生小真被神秘组织选为魔法少女，但她发现这只是一场陷阱。在与其他魔法少女战斗时，小真逐渐领悟到自己拥有毁灭力量的使命和责任，并决定摧毁邪恶势力。随着剧情推进，小真不断成长并面临艰难抉择，在最终决战中，她成功击败敌人并保住了家人、朋友和平民。同时也明白了“权利与责任”的含义。