在魔法博斯世界中，主人公小智和他的搭档皮卡丘踏上了新冒险。他们发现神秘组织“传承翻新”正在试图掌握所有宝可梦的力量，并把它变成自己的武器。为了阻止这个邪恶计划，小智与各路训练家联手展开战斗。另一方面，小智也逐渐发现自己对于宝可梦之间关系以及自身能力有着更深层次的理解和认识。最终，在众人的合作下，“传承翻新”的计划被彻底粉碎，而小智也收获了更多珍贵的经验和友情。