在某个小镇上，高中生工藤新一被卷入了一起谋杀案的调查中。他意外地遭到了神秘组织“黑衣组织”的毒手，导致身体缩小成了儿童形态。为了寻找解药，他化名江户川柯南，在侦探团队帮助下揭开真相，并逐渐接近“黑衣组织”。同时，与青梅竹马的少女兰和父亲小兰之间发展出甜蜜而艰辛的感情。最后，“黑衣组织”成员酒井雅久被抓捕，但真正头目仍未现身。