名侦探柯南：世纪末的魔术师，发生在一个神秘的城市。柯南和小兰来到这里参加一场魔术比赛，并邂逅了新的角色——黑羽快斗。然而，比赛中却接连发生了诡异的死亡事件，让三人不得不展开调查。他们最终揭开了背后隐藏着的惊天真相：原来所有事件都是被一个古怪男子所策划，而这个男子正是黑羽快斗本人！最终柯南与黑羽快斗联手破案并将罪犯绳之以法。