在京都进行旅行的名侦探柯南，意外遇见了一对神秘的姐妹。他们各自声称是从未来而来的时间旅行者，并寻找能将历史改写的秘密宝石。当一位豪门子弟突然被谋杀时，柯南与这对姐妹展开合作调查真相。通过比较现实和未来目击者的证词，柯南渐渐发现背后隐藏着错综复杂的阴谋与人心险恶之事。最终，柯南破解谜团，揭露了凶手真正的身份，并成功保护了宝石不被邪恶势力利用。