黑暗组织发出了一份挑战书，威胁要破坏柯南所在的城市。工藤新一接受了挑战，并前往神秘岛屿调查怪鸟传说。他和小兰、灰原哀等人遭到袭击，但成功解开谜题，揭露了黑暗组织的阴谋。然而，在关键时刻，工藤新一被迫服下毒药变成了柯南。虽然身体变小，但是柯南决定不放弃追查真相，并最终成功将罪犯绳之以法。