《萌探探探案第二季》讲述了一组可爱的小侦探们在校园内展开调查，解决各种神秘事件的故事。他们遇到了校内偷窃、班级恶作剧、考试舞弊等问题，并利用自己聪明才智和勇气一一破解。同时，小侦探们之间也发生了很多有趣的互动和友情故事，令人期待又感动。