猎人笔记是一本神秘的笔记，能够记录所有生物的信息。主角小明意外得到了这本笔记，并发现上面有一个未解之谜：某种怪兽的信息被删除了。小明开始寻找线索，而他的旧友阿宁也加入了调查。在探险中，他们遭遇各种危险和挑战，最终揭开了谜底：原来是一只极其稀有且凶残的怪兽因为实力过于强大而被封印起来，并从猎人笔记中删除了相关资料。小明决定保护这只怪兽不受伤害并重新写入笔记中。