本篇剧情以明治十四年(1881年)为背景，讲述了独眼龙、神山红藏等人以及新兵器“铳”在京都的斗争。浪客剑心和新妻神乐来到京都寻找失踪已久的朋友高荷恩，并卷入了复杂的政治阴谋之中。同时，黑田清隆率领军队进攻血染的京都，使得局势更加紧张。最终，在大火中，浪客剑心与众人联手打败敌人，并揭露了阴谋者真正目的——建立一个完全由武士统治的国家。