在京都大火之后，剑心和四乃木帮助城里的人们重建家园。然而，新政府却意图以铁路发展为借口强行收购民居土地。剑心拒绝参与此事，但被迫对抗一名来自东京的刺客。同时，他也要面对昔日伙伴之一、现已成为杀手的薰，并揭开了十年前黑田清隆复仇计划真相。最终，在四叶草组织的帮助下，剑心成功阻止了铁路工程并击败敌人。