《来自深渊》是一部描写少女流浪地下城寻找母亲的冒险故事。主人公琪琪和伙伴们在穿越各种奇怪生物、机关陷阱等挑战中，逐步解开了深渊之谜，发现世界大秘密。最终，琪琪勇闯到深渊底层，在与“悔菜”的对话中得知真相，并决定保护这个世界。但回归上层后，由于记忆被消除而失去了好友红白黑绿紫五位成员的记忆。