《壳中少女：燃烧》讲述了一个未来世界，人类生活在巨大的城市中，因环境恶劣而需要依赖于机械化身体。女主角莉安娜被迫接受了一项名为“荒野试验”的任务，在废弃的城市里找到并带回失联多年的科学家。然而她发现自己和同伴们都是实验品，并遭受着固定思维、控制等问题。最后，她与同伴们一起反抗组织，寻求自由与真相。