《开始推理吧》讲述了高中生江户川柯南在一次旅行中遇到黑衣组织的成员，被迫服下变小药而失去了原本的身体。他来到侦探工蜂处寻求帮助，并与少年侦探团一起解决各种案件。然而，黑衣组织不断出现，柯南必须保护自己和周围人的安全并找回原本的身体。随着剧情发展，柯南逐渐揭开了黑衣组织背后的秘密，并最终成功复原身体。