第三季围绕着“人类的真正敌人”展开，艾伦和同伴加入了反抗军，并深入调查发现墙内竟有另一个国家存在。在对抗巨人与政治阴谋中，他们认识到自己所属的马雷士区域是被控制的一部分。经过激烈战斗后，他们终于揭开了政府为何要遮掩真相、保持封闭状态的秘密。同时，背后隐藏着更大阴谋，在与新型巨人之间最终爆发激烈战争前夕，各方势力陷入紧张对峙……