《警察学校6：幕后黑枪》讲述了一群新晋警员在追查贩毒案件时意外发现了黑帮组织的存在，而这个组织与他们所属的派出所内部有着千丝万缕的关系。为了揭露真相并保护自己和家人，他们不得不冒险挑战权利和利益之间的平衡。在经历种种磨难后，他们最终成功打击了黑帮组织，并将涉案人员移交司法机关处理。同时，也促使相关部门加强对警察队伍建设和监管力度。