《结界师》讲述了失去妹妹的高中生石田雨彦，因为家族传承人类与妖怪之间创造的结界能力而成为结界师。他在和同伴们一起修行中，逐渐发现了自己身上隐藏的秘密，并参与到解决各种奇异事件的故事中。最终，雨彦和伙伴们经过激战，在不断探索、学习和成长中守护着属于自己和平安定的世界。