《机动战士Z高达》的故事发生在宇宙世纪0087年，地球联邦政府和异端军团“提坦斯”爆发了一场激烈的战争。主人公贝尔扎巴·巴克（Kamille Bidan）被卷入其中，并加入反抗组织AEUG。他驾驶着新型高达机体，与提坦斯展开了惊心动魄的战斗，同时还要面对内部复杂的政治阴谋。经过多次艰苦卓绝的战斗后，AEUG最终成功夺取了“劳拉古星”的控制权，并结束了这场残酷而漫长的战争。