在一片神秘的海域，人类与“深海棲艦”展开了激烈的战斗。由于无法互相理解，双方之间的仇恨越来越深。然而，在某个命运交汇点上，两名少女——指挥官和“深海棲艦”伊401相遇，并建立起温暖的友情。她们决定一同寻找那片被称为“传说中存在过的大陆”的地方，并且希望能够通过这次旅行让彼此间紧张的关系得到缓解。但是，在航行途中，“深海棲艦”组织却阻挠了她们前进……