《毁灭者科南》讲述了一名神秘的杀手，他以“毁灭者”之名行侠仗义，为正义而战。在一次任务中，他遇到了少年侦探柯南，并与其展开合作调查案件。两人发现背后隐藏着一个巨大的阴谋，必须联手解决难题。然而，在追踪过程中，“毁灭者”的真实身份渐渐浮出水面，柯南也陷入危机之中。最终，“毁灭者”揭露了自己的计划和动机，并放弃报复心态选择走向光明道路。