《还珠格格第二部》的剧情延续了第一部的故事线，紫薇公主和四爷在皇城中过上了幸福美满的生活。但是，紫薇却发现自己身体里隐藏着一个严重的秘密。为了保护她所爱的人民和家人，她决定离开皇宫，与青梅竹马阿碧与妈妈姨娘一起出走。她们进入江湖，在外面经历了各种冒险和磨难。同时，在皇宫内部，朝堂风波不断，一系列政治阴谋触动着御林军总统和丞相之间微妙的关系。两个截然不同但又息息相关的故事线交织在一起，带给观众更加精彩纷呈、扣人心弦的剧情发展。