《核晶少年》讲述了一个被称为“核晶”的神秘物质引发的一系列事件。主人公小明在意外接触到核晶后，获得了异于常人的力量和能力，并因此卷入到各种挑战和冒险中。他与来自不同背景、拥有不同特异功能的伙伴们一起，抵御邪恶组织对核晶的争夺，探索它所隐藏着的秘密并保护世界安全。同时也面临着内心成长和选择上的考验。