在最终战役中，尼奥和史密斯展开了一场决战。尼奥牺牲自己，消灭了所有的机器人，并重建了矩阵。整个世界都变得美好而和谐，在一个新的未来里，人类与机器共存并互相合作。但是，这种和平状态被不明势力所打破。为了保护人民，莫比乌斯等老朋友们重新启动尼奥计划，并传唤出他的意识形态以帮助他们对抗敌人。经过一系列惊险刺激的历程后，尼奥终于成功击败了敌人并拯救了世界。