《海神密码》讲述了一位年轻的数学天才，通过解密古老的文物“海神石”，发现了一个惊人的秘密：在地球深处有一座巨大的水晶城。他带领着一支探险队前往寻找它，并在途中遭遇重重危机和阴谋。最终，他们成功到达水晶城，在那里发现了地球上存在外星人文明和科技。但是，在回归地面之后，他们被追杀，不得不将这个秘密保存下来。