《高中舰队剧场版》讲述了青梅竹马的两位少女，一起加入了海军学校的“水上乐园”班级，并在探险途中发现神秘岛屿。她们必须与新结识的同伴合作，对抗未知危机，解开谜题并保护其它人类不受到威胁。同时也展示出她们之间深厚的友情和勇气，以及面对逆境时坚强而不放弃的精神品质。