大雄和哆啦A梦等人来到南海度假，却意外发现了一艘珍珠船失踪的线索。他们决定展开调查，结果被神秘组织追杀。在逃亡过程中，大雄遇见了一个叫做“小宝”的孤儿，并帮助他找回了家庭。最后，大雄与伙伴们成功破解谜题、捉拿罪犯并救出被困在岛上的人们，并顺利度过南海之旅。