第5季故事从萧炎离开北灵院开始，他追寻宁王泽的下落。途中结识美艳女子苏妍，并进入轮回殿修行。萧炎不断提升实力，在大陆各地遭遇挑战，最终击败神秘组织黑蛟帮和魔教高手。萧炎与云梦姬、药尘、数名帝品强者合力抗衡上古时期陨落的邪族黑龙王，重振天元大陆和平。同时也将远去的恋人小医仙牢记于心，为她发誓寻找到发源地光明世界归来。