在一座充满神秘气息的城市，皮卡丘和小智接受了调查一起案件的任务。他们发现案件背后隐藏着一个更大的阴谋，必须用智慧和勇气解决这个难题。与此同时，皮卡丘也要寻找失去记忆的自己，并揭开自己身上隐藏着的秘密。在经历了种种挑战之后，皮卡丘最终成功破解了所有谜团，并恢复了自己失去的记忆。