《大医本草堂》讲述明朝著名中医张天师在南京开设“大医本草堂”，救治百姓，传承中医精髓的故事。他与徒弟们一起，不断研究药材配方、调制汤剂，并通过实践不断完善自己的诊疗方法。同时，在面对各种困难和挑战时，他也始终坚守着“以患者为中心”的原则，努力解决人民群众的健康问题。影片展现了中华传统文化和中国式医学的博大精深之处。