《刺猬索尼克2》故事设定在上一部的基础上，继续讲述了主角索尼克与他的盟友们对抗邪恶博士埃哲曼以及他的新发明——银色机器人。在这场战斗中，索尼克将面临更加强大的敌人和挑战，同时也会得到新伙伴们的帮助。经过一系列惊险刺激的冒险之后，最终索尼克成功击败了埃哲曼，并保护了整个星球不受威胁。